Perchlorat ist ein in Lebensmitteln unerwünschter Stoff, der eine reversible Hemmung der Aufnahme von Jod in die Schilddrüse verursacht. Für diesen Kontaminanten sind bisher noch keine Höchstgehalte in Lebensmitteln festgelegt worden. Der Ständige Ausschuss für Pflanzen, Tiere, Lebensmittel und Futtermittel (SC PAFF) hat 2015 auf Vorschlag der EU-Kommission vorübergehend geltende Referenzwerte beschlossen. Erzeugnisse, die diese Referenzwerte nicht überschreiten, sind in allen EU-Mitgliedsstaaten verkehrsfähig.
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